Mohamed Elneny cùng với Mohamed Salah (Liverpool) và Ahmed Fathy (Hull City) là một trong những nhân tố quan trọng của tuyển U23 Ai Cập tham dự Thế vận hội Olympic 2012. Ở giải đấu này, U23 Ai Cập đã giành quyền vào tứ kết trước khi để thua U-23 Nhật Bản.

Vào tháng 9/2011, Elneny đá trận ra mắt ĐTQG Ai Cập với Sierra Leone ở tuổi 20. Kể từ đó tới nay, tiền vệ này đã có 56 lần khoác áo ĐTQG, ghi được 5 bàn thắng.

HLV của ĐT Ai Cập, ông Héctor Cuper đã có cuộc cách mạng về mặt nhân sự. Nhưng có 4 cầu thủ luôn được triệu tập. Trong đó, đáng chú ý có Salah và Elneny.